Tyto anaerobní organismy jsou naprosto proti organismům aerobic, že nepoužívají diatomic kyslík pro růst, metabolismus a diferenciaci, tyto práce s jinou sloučeninu, což místu subklasifikace pokud tyto mikroorganismy pracovat s chemickou sloučeninu s názvem pyruvát říká, že jeho Metabolismus je fermentační (používají fermentaci), na druhou stranu je to další látka odlišná od pyruvátu, pokud říká, že jde o organismus, který praktikuje anaerobní dýchání.
Fermentace se skládá ze získávání chemickou energii z katabolického procesu a nedokončené nebo neúplné oxidace organické sloučeniny, podle svého konečného výrobku, může být zařazen do alkoholovým kvašením, protože to vytváří ethanol, kyselina mléčná fermentace produkuje kyselinu mléčnou, butyrická fermentace, mimo jiné; Anaerobní dýchání se skládá z transportního řetězce pro elektrony, obvykle podobného jako u aerobního dýchání, ale místo konečného akceptoru je kyslík, v tomto případě by to byla jakákoli sloučenina anorganické povahy.
Stejně jako existují aerobní bakterie, existují také anaerobní bakterie, které mohou žít bez kyslíku, některé z nich se nacházejí uvnitř lidského těla v místech, kde není přítomna kyslík, například v tlustém střevě, kde fungují jako hnilobné bakterie. Fekální hmotu lze podle její odolnosti vůči kyslíku klasifikovat jako: obligátní anaerobní bakterie, které nemohou růst v oblastech, kde je přítomnost kyslíku, protože je škodlivý a může způsobit jeho zničení, aerotolerantní bakterie nikdy nebudou používat kyslík pro své metabolické procesy ale může žít v okysličeném prostředí, fakultativně anaerobníMohou použít kyslík jako konečný akceptor elektronů, ale pokud jsou v prostředí, kde není kyslík, použijí fermentační cestu.
