Katakomby vznikly v souvislosti s římskými katakomby, což bylo jméno původně pojmenované po starověkém hřbitově nedaleko Appianské cesty. Hřbitovní neviňátek (v blízkosti Saint-Eustache, v oblasti Les Halles) byl už v použití pro téměř deset století a stal se zdrojem z nákazy pro místní obyvatele. Po četných stížnostech se Státní rada 9. listopadu 1785 rozhodla zakázat následné používání Hřbitova nevinných a vyloučit jeho obsah.
Nevyužívané lomy byly vybrány k převzetí ostatků; město Paříže právě dokončila obecnou inspekci lomů k posílení veřejné komunikace ohrožují jimi. Stavební práce byly prováděny v lomu „Tombe-Issoire“ s použitím velkého množství kamene, zpevnění štol a dokončení vykopáním schodiště lemovaného jámou, do které bylo možné házet kosti.
Přenos ostatků mohl začít po požehnání a posvěcení místa 7. dubna 1786 a pokračoval až do roku 1788, vždy za soumraku a po obřadu, při kterém procesí kněží v surplice zpívala službu mrtvým. podél cesty vozy s kostmi, které byly zakryty černým závojem. Poté, až do roku 1814, místo obdrželo pozůstatky všech hřbitovů v Paříži.
K výběru podzemních vykopávek vedly i další důvody. U křesťanů žil smysl pro komunitu s velkou silou: chtěli také být spolu ve „ snu o smrti “.
Podle římského práva bylo pohřbívání zemřelých uvnitř městských hradeb zakázáno, všechny katakomby byly umístěny podél velkých konzulárních silnic a obecně na předměstích té doby.
Pařížské katakomby se znovu otevřely 14. června 2005, po několika měsících uzavření stavby. Bylo upraveno osvětlení, klenby byly vyztuženy a byly přemístěny kostní stěny.
